Enfance
Madara Uchiha et son petit frère étaient tout deux comparables en tout point et étaient tout le temps en compétition, chacun des deux voulant être le plus fort. Ils ont ensuite maitriser le sharingan. Ils furent alors reconnus comme membres spéciaux du clan Uchiha. Ils continuèrent toujours à s'entrainer, sans rien d'autre en tête que la puissance. Ils ne tardèrent pas à posséder le Mangekyou Sharingan. Grâce à leurs yeux, ils prirent le contrôle du clan. Madara, l'ainé, en devint le chef, respecté de tous. Environ 80 ans plus tard, à l'époque de Naruto, il aida Itachi à éliminer l'ensemble du clan Uchiwa ; on découvre que l'élimination de ce clan était une mission qui avait été donné à Itachi par Sandaime Hokage (sarutobi le 3e hokage) et ses deux conseillers.
La source inépuisable
Cependant, Madara commença à ressentir d'étranges changements. Ces yeux s'enfoncèrent dans l'obscurité. Il fit alors tout ce que était en son pouvoir pour retrouver la vue, mais en vain. Il fut désespéré et sombrât dans l'obscurité... Puis, il trouva une autre source de lumière. Il déroba, malgré lui, les yeux de son frère et obtenu un Mangekyou Sharingan éternel, ce Dōjutsu ne pouvant pas s'éteindre, qui possédait une source de lumière inépuisable.
Une nouvelle politique
Plus tard, il se joindra au clan Senju, et fondera une nouvelle classe politique accompagné du chef du clan Senju, qui sera plus tard Shodai Hokage. Ils ne tardèrent pas à avoir des différents sur les politiques de leur nouveau village. Il le défia alors à la Vallée de la Fin ( où se passa le combat entre Naruto et Sasuke )Ayant perdu son combat face au chef du clan Senju pour avoir le contrôle du village, il poursuit alors cette tache en formant une nouvelle organisation, l'Akatsuki. Il fut l'homme derrière l'attaque de Kyuubi il y a 15/16 ans dans les Shippuden. Par la faute de Yondaime, ses plans échouèrent à nouveau.
Techniques
Kuchiyose No Jutsu - Technique d'invocation : C'est lui qui invoqua Kyuubi, le démon renard à neuf queues, qui détruit le village caché de Konoha.
Mangekyou Sharingan éternel - Pas de nom officiel : Il possède la plus puissante forme du sharingan.